台南市南區四鯤鯓龍山寺始自明鄭時期起奉祀「清水祖師公」。

悠久廟史實等同台郡鯤鯓古地之開拓史。

肇建迄今歷三百五十餘載，石萬壽在〈台南市宗教誌〉認定其為明鄭時期廟宇。

龍山寺主祀清水大祖師(清水祖師)、清水二祖師(顯應祖師)、清水三祖師(三坪祖師)

素有「全台首建，開基清水祖師廟」之稱。               

承沿革所敘，明永歷十五年1661)隨國姓爺鄭成功來台，駐守台江屏障七鯤古地之蔡姓者，以攜自福建泉州府安溪清水巖清水岩鬼湖洞「清水祖師公」 (敬稱：清水祖師公)

泉州湖頭泰山岩「顯應祖師公」(敬稱：清水二祖師公)
漳州平和三平寺「三平祖師公」(敬稱：三坪祖師公)

等渡台眾神，開基首建草壇於台江古地四鯤鯓沙汕，建祠奉祀，聖澤丕顯、神蹟屢昭，祠雖簡陋，信眾所求則無不畢應。

自此「鯤鯓祖師公信仰」盛名遠揚，府城內外慕道來者日眾，香火殷盛四時不輟，又以草創祠廟寙劣,雖歷經多次維修，但仍不堪風吹雨蝕，乃於清嘉慶六年(1801)鳩眾醵資重建，安厝神尊無虞後，威震東瀛度濟眾生。

惟重建祠廟以還，四季香煙不絕，合境蒼黎欣沐，猶感祠廟簡小，復於清道光廿五年(1845)由鄉老等募捐增建前殿；清同治元年(1862)擴建北邊廟室；清光緒二年(1876)再建拜亭；日本大正二年(1913)增建南邊廟室及重修拜亭。

民國卅七年(1948)再以廟構久承滄桑,風貌漸趨古舊,因此大肆重修廟頂廟堂、室廊，並將拜亭改建八卦亭，擴建鐘鼓樓等。

於民國卅九年(1950)完工入座，後於民國四十一年(1952)舉行慶成祈安清醮大典。復於民國五十七年(1968) 舉行慶成祈安清醮大典。

民國七十六年(1987)管理委員會眾執事，有感於廟宇老舊、殿堂已難容日增香客，決議重建，並恭請「祖師公」擇期拆除舊廟。

工程期間，全台善信大德咸沐神恩，眾皆發願效勞相挺，在上仰神佑，下得民助，始大功告成，民國七十九年(1990)十月廿二入廟安座，是為現之四鯤鯓龍山寺廟貌。

民國八十一年(1992)四月廿六復舉行三朝祈安清醮大典，為全台善信消災植福，叩答四時豐登八節有慶，共祈國泰民安國運昌隆。